Skyggejægerne bruger mange forskellige runer for at forbedre sig. De bliver skriblet ind på deres hud med en stele, og giver dem forbedrede fysiske og psykiske evner. Langt de fleste runer er kun midlertidige, hvor ganske få er permanente. Den eneste permanente rune der findes er
Mark of Cain, det mærke alle skyggejæger børn får som små. Det giver dem specielt talent for våbenhåndtering.
Liste af runer:Iratze: Denne rune bliver brugt til healing.
Frygtløs: Runens effekt sige vist sig selv. Den blev skabt af Clarrisa Morgenstern (Clary).
Mendelin: Mendelin-runen gør en usynlig.
Alliance: Dette er en af de andre runer Clarrisa Morgenstern (Clary) skabte. Den blev brugt af både nephelim og downworlders i kampen imod Valentine.
Åben: Dette er en simpel rune der bliver brugt til at åbne fx døre.
The Mark of Cain / Kains mærke: Clarissa (Clary) brugte denne rune for at beskytte Simon imod Raphael. Hvis nogen prøver at skade en person med Kains mærke, vil de selv blive skadet med en kraft syv gange så stor som blev brugt at at angribe den mærkede (syvfold).